"

欢迎光临⚽网上彩票平台✅lbwlbw.com 亚洲信誉综合游戏公司✅网上彩票平台_多款游戏集于一体_顶尖原生app_网上彩票平台|非常注重玩家体验⚽邀请您入住

          <sub id="vbvtz"><listing id="vbvtz"><menuitem id="vbvtz"></menuitem></listing></sub>

                    <em id="vbvtz"><form id="vbvtz"></form></em>

                        <address id="vbvtz"><listing id="vbvtz"><menuitem id="vbvtz"></menuitem></listing></address>

                          <sub id="vbvtz"></sub>
                          <form id="vbvtz"><nobr id="vbvtz"><nobr id="vbvtz"></nobr></nobr></form>

                                <form id="vbvtz"><nobr id="vbvtz"></nobr></form>
                                "
                                首页>资料手册>计算软件
                                VASP 5.4.1+VTST编译安装
                                2017-03-30

                                中国科学技术大学超级计算中心 李会民<hmli@ustc.edu.cn>2017-03-29

                                原文:http://hmli.ustc.edu.cn/doc/app/vasp.5.4.1-vtst.htm

                                VTST(Transition State Tools for VASP)是VASP的过渡态工具,可以免费获?。?A _fcksavedurl="http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/index.html">http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/index.html网上彩票平台。里面还有VTST Scripts: vtstscripts.tgz,安装时不需要网上彩票平台,使用时需要。

                                VASP及VTST安装无需root权限,普通用户即可安装。

                                1. 解压缩VASP源码包:
                                  tar xvf vasp.5.4.1.tar.bz2
                                  解压缩后的目录为vasp.5.4.1。
                                2. 进入vasp.5.4.1目录:
                                  cd vasp.5.4.1
                                3. 查看vasp.5.4.1目录下有何内容:
                                  ls -l
                                  输出类似:
                                  drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 3月  29 08:17 arch
                                  drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 3月  29 08:16 bin
                                  drwxr-xr-x 2 hmli nic  4096 2月  26 20:59 build
                                  -rw-r--r-- 1 hmli nic   371 9月  30 11:51 makefile
                                  -rw-r--r-- 1 hmli nic 12263 9月  30 11:51 README
                                  drwxr-xr-x 4 hmli nic 20480 9月  30 11:51 src
                                  查看说明:
                                  more README
                                  从说明中我们得知从5.4.1开始目录结构及编译方式变化为如下方式:
                                  vasp.X.X.X (root directory)
                                                        |
                                     ---------------------------------------
                                    |              |          |             |
                                   arch           bin       build          src
                                                                            |
                                                                       ----------
                                                                      |          |
                                                                     lib       CUDA
                                  说明:
                                  • vasp.X.X.X:解压缩后的根目录
                                  • arch:针对不同架构的Makefile模板,如里面含有makefile.include.linux_intel
                                  • bin:编译后的可执行程序文件
                                  • build:编译时自动复制src目录内源码后执行编译的目录
                                  • src:源码目录
                                  • lib:库目录,对应以前的vasp.lib目录
                                  • CUDA:GPU CUDA代码目录
                                4. 设置VTST:
                                    下载:
                                    wget http://theory.cm.utexas.edu/code/vtstcode.tgz
                                    解压缩:
                                    tar xvf vtstcode.tgz
                                    之后会生成vtstcode-171目录,此目录内包含以下文件:
                                    bbm.F
                                    bdr_changes
                                    bfgs.F
                                    cg.F
                                    chain.F
                                    dimer.F
                                    dynamic.F
                                    dynmat.F
                                    fire.F
                                    instanton.F
                                    lanczos.F
                                    lbfgs.F
                                    mkbdrpro.pl
                                    neb.F
                                    opt.F
                                    qm.F
                                    sd.F
                                    vasp-5.3.2-main.patch
                                    vasp-5.3.2-mpmd.patch
                                    vasp-5.4.1-mpmd.patch
                                  根据官方安装说明http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/installation.html
                                  • 需要将这些文件复制到src目录中:
                                    • 因为src目录下存在chain.F,建议先备份chain.F(可?。?
                                      cp src/chain.F src/chain.F-org
                                    • vtstcode-171目录下文件复制到src下:
                                      cp vtstcode-171/* src/
                                  • 修改src/main.F源码:

                                    将(第3233行)

                                    CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
                                         LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)

                                    变为(注意后两行):

                                    CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
                                          TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
                                    !     LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
                                  • 修改编译配置src/.objects,在chain.o前(大概第67行)添加如下内容:
                                    bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \
                                    fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o \
                                  注意\后不能有空格。
                                5. 查看所用的编译器:
                                  which ifort
                                  输出类似:
                                  /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/intel64/ifort
                                  如显示不存在网上彩票平台,那么可以类似下面设置下Intel编译器环境(具体路径与你所使用的系统有关):
                                  . /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/compilervars.sh intel64
                                6. 查看Intel MKL环境:
                                  echo $MKLROOT
                                  输出类似:
                                  /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl
                                  如显示不存在,那么可以类似下面设置下Intel MKL环境(最好与编译器版本一致):
                                  . /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/bin/mklvars.sh intel64
                                7. 查看Intel MPI环境(最好与编译器版本一致):
                                  which mpiifort
                                  如显示不存在网上彩票平台,那么可以类似下面设置下Intel MPI环境:
                                  . /opt/intel/impi/5.0.2.044/bin64/mpivars.sh intel64
                                  查看是否存在/opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a,如没存在,那么可以在自己目录下编译生成libfftw3xf_intel.a
                                  mkdir -p ~/local/interfaces
                                  cp -a /opt/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/interfaces/fftw3xf ~/local/interfaces
                                  cd ~/local/interfaces/fftw3xf
                                  make libintel64
                                  顺利的话,将在此目录下生成libfftw3xf_intel.a网上彩票平台。
                                8. 采用arch/makefile.include.linux_intel做为模板(在vasp.5.4.1目录下,未考虑CUDA):
                                  cp arch/makefile.include.linux_intel makefile.include
                                9. 修改makefile.include

                                  必要时修改OBJECTS那,将

                                  $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a
                                  修改为(假如使用~/local/interfaces/fftw3xf):
                                  $(HOME)/local/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a

                                  其它参数,请见VASP官方说明。

                                10. 为防止以前编译好的.o和.a文件与新修改的编译配置冲突,建议清除以前编译文件:
                                  make veryclean
                                11. 执行编译网上彩票平台,可以默认编译或分开编译:
                                  • 默认编译(将编译生成std、gam和ncl版):
                                    make
                                  • 分开编译:
                                    • 编译标准std版:
                                      make std
                                    • 编译gamma-only版:
                                      make gam
                                    • 编译non-collinear版:
                                      make ncl

                                  编译完成后将在bin目录下生成对应的版本的可执行程序:vasp_gam、vasp_ncl、vasp_std。

                                12. 错误处理:

                                  如果有错,请注意看错误信息,然后根据信息进行处理。

                                Copyright 2009 中国科学技术大学超级计算中心 All Rights Reserved
                                网上彩票平台